MPCプロジェクトとプラグインの設定は別々に保存されます。
プラグインのファクトリープリセットを選択し、その設定に変更を加えた後、プラグインの状態を個別に保存せずにMPCプロジェクト自体を保存すると、プロジェクトをリロードしたときにプラグインに加えた変更がファクトリープリセットの状態に戻ってしまいます。
プラグインのファクトリープリセットに加えた変更を元に戻さないためには、プラグインウィンドウの上部にあるSaveボタンをクリックし、新しいプリセットの名前を作成し、Saveをクリックする必要があります。
次にプロジェクトを保存して再起動すると、プラグインの保存状態がプロジェクトと一緒にロードされます。